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Il fondo manoscritto è costituito da circa 750 manoscritti, 350 dei quali databili fra il decimo e il sedicesimo secolo. Celebre tra tutti il manoscritto greco del decimo secolo grazie al quale sono giunte a noi le 11 commedie superstiti di Aristofane. Ad esso si aggiungono i codici classico-umanistici, i manoscritti giuridici, i liturgici e i raffinati libri d’ore miniati.
